[예규·판례] 과점주주 간주취득세 후 흡수합병으로 전부 취득했으면? — “앞서 낸 간주취득세는 이중과세”

[예규·판례] 과점주주 간주취득세 후 흡수합병으로 전부 취득했으면? — “앞서 낸 간주취득세는 이중과세”

한 줄 요약 — 피합병법인의 지분을 100% 확보해 과점주주 간주취득세를 낸 뒤, 동일 자산을 흡수합병으로 실제 취득하여 취득세를 또 납부했다면, 앞서 낸 간주취득세 상당액은 동일 물건의 이중과세이므로 경정·환급 대상입니다. (조심 2024지2095, 2025.09.16.)

목차

1. 사건 개요(타임라인)
2. 쟁점 정리
3. 조세심판원 판단 요지
4. 왜 이중과세인가(논리 구조)
5. 실무 영향: 어떤 회사가 환급 가능?
6. 경정·환급 신청 가이드(체크리스트)
7. 유의사항·리스크 포인트
8. FAQ

1) 사건 개요(타임라인)

• 2019.10 ~ 2020.11: 청구법인 ‘갑’이 피합병법인 ‘을’의 지분을 순차 취득 → 100% 과점주주 도달
• 지분 100% 도달 시점: ‘을’의 보유 토지에 대한 간주취득세 납부
• 이후: ‘갑’이 ‘을’을 흡수합병 → 동일 토지를 실제 취득하며 취득세 납부(기업합병 감면 규정 적용)
• 결과: 동일 토지에 대해 간주취득과 실제 취득으로 취득세를 이중 납부한 구조

2) 쟁점 정리

“과점주주가 되어 납부한 간주취득세와, 이후 흡수합병으로 동일 자산을 실제 취득하며 납부한 취득세가 서로 다른 과세사건인가, 아니면 동일 물건에 대한 이중과세로 봐야 하는가?”

3) 조세심판원 판단 요지

1. 간주취득세는 실제 취득이 없더라도 자산을 임의처분·관리운용할 수 있는 지위를 근거로 자산 자체를 취득한 것으로 간주해 과세하는 제도.
2. 과점주주가 나중에 동일 자산을 전부 실제 취득하여 취득세를 납부했다면, 기납부 간주취득세 상당액은 동일 물건에 대한 이중과세.
3. 따라서, 이중 납부분에 대한 경정청구 거부 처분은 위법 → 납세자 승.

※ 동일 취지의 과거 결정 취지도 존재(예: 과점주주 취득세와 합병 취득세의 중복을 부당으로 본 사례).

4) 왜 이중과세인가(논리 구조)

• 과점주주 간주취득의 과세요건: “자산을 처분·관리·운용할 수 있는 지위” → 자산 ‘자체’ 취득으로 간주
• 이후 흡수합병으로 동일 자산을 실제 취득하여 취득세 납부
• 결론: 동일 물건(같은 토지)에 대한 취득세가 간주취득과 실제취득 단계에서 중복으로 부과됨 → 앞선 간주취득세 상당액은 환급되어야 합리적

5) 실무 영향: 어떤 회사가 환급 가능?

상황	환급 여지	포인트
피합병법인 자산에 대해 과점주주 간주취득세 납부	가능성 有	지분 50% 초과 지배력 취득·간주취득 과세 여부 확인
이후 동일 자산을 흡수합병으로 실제 취득하며 취득세 납부	가능성 高	동일 물건(토지·건물)인지, 취득세 산출 근거·세액 비교
합병 시 감면 규정 일부 적용	가능	감면 적용과 별개로, 간주 vs 실제의 중복분이 핵심

6) 경정·환급 신청 가이드(체크리스트)

1. 사실관계 정리: 지분취득(과점주주 도달)일, 간주취득세 신고·납부서, 흡수합병 계약서·등기부, 합병 취득세 신고서
2. 동일 물건 특정: 필지·건물표시, 과세표준·세율·세액 산출 근거를 두 과세사건에서 대조
3. 법리 메모: 간주취득 과세요건(지배지위) vs 실제취득(합병) 구분, 동일 물건 이중과세 논지 정리
4. 경정청구: 과세관청(시·군·구) 제출, 청구취지·원인, 반환세액 산정표 첨부
5. 불복 대비: 기각 시 이의신청·심사청구·심판청구 단계별 준비

7) 유의사항·리스크 포인트

• 물건 동일성: 지분취득 당시 간주 과세의 대상 물건과, 합병 취득세의 대상 물건이 일치해야 함
• 시효: 경정청구 가능 기간(지방세기본법) 관리
• 부분취득: 전부가 아닌 일부 자산만 합병으로 취득한 경우 논점 달라질 수 있음
• 감면·중과 병존: 합병 감면·중과 특례가 얽힌 케이스는 산출 구조를 별도로 분석

8) FAQ

간주취득세와 합병 취득세는 과세요건이 다른데, 왜 이중과세인가요?

과세요건은 다르지만, 결국 동일 물건에 대하여 먼저 ‘간주’로, 나중에 ‘실제’로 취득세가 중복 부과된 점이 문제입니다. 동일 물건에 대한 이중과세라는 점에서 앞선 간주분을 환급해야 한다는 취지입니다.

전부가 아니라 일부 자산만 합병으로 넘어오면 환급이 되나요?

본 결정의 요지는 ‘자산 전부를 실제 취득’한 경우에 무게가 실립니다. 일부 취득의 경우 동일성·비율 산정 등의 추가 쟁점이 있어 별도 검토가 필요합니다.

합병 때 감면을 받았는데도 환급이 가능합니까?

감면과는 별개로, 간주 vs 실제에 따른 중복분이 문제입니다. 감면 적용 여부와 상관없이 중복된 부분을 중심으로 환급 논리를 구성합니다.

이미 경정청구 기간을 넘어선 것 같습니다. 방법이 없나요?

일반적으로 기간이 엄격히 적용됩니다. 다만 과세오류 유형에 따라 구제 수단이 달라질 수 있으니, 사실관계·기한을 기준으로 불복 가능여부를 점검하세요.

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※ 본 글은 조세심판원 결정의 취지를 실무 관점으로 요약한 것입니다. 실제 환급 가능 여부는 귀사의 사실관계·기한·산출구조에 따라 달라질 수 있습니다.