사내근로복지기금 ④ 세무 처리 & 과세/비과세 판단｜원천세·연말정산·부가세까지

사내근로복지기금 ④ 세무 처리 & 과세/비과세 판단｜원천세·연말정산·부가세까지

사내근로복지기금은 전입·회계는 기금 독립체계, 세무는 수혜자 과세판단이 핵심입니다. 이 글은 지급 항목별 과세/비과세 구분, 원천세·연말정산 처리, 부가가치세 이슈, 사후관리를 한 번에 정리합니다.

목차

1. 세무 원칙 한눈에
2. 항목별 과세/비과세 맵
3. 원천세·연말정산 처리
4. 부가가치세 이슈
5. 증빙·내부통제 체크리스트
6. FAQ

핵심 요약
• 기금 전입: 모회사 비용(손금) / 기금은 순자산(기본/보통재산) 증가로 인식.
• 과세 판단: 근로 제공 대가성·특정인 편익 집중이면 근로소득 과세 가능성↑.
• 비과세 유지: 규약상 목적사업·공통 기준·증빙 완비·사후관리가 4요소.

1) 세무 원칙 한눈에

• 수혜자 과세 중심: 기금에서 나간 돈이라도, 수혜자에게 경제적 이익이 귀속되면 과세 가능.
• 대가성 vs 복지성: 성과·근무조건 연동, 특정인 보상 성격 → 근로소득. 긴급생계·의료·경조 등 규약상 복지성 지원 → 비과세 유지 가능.
• 공통성·형평성: 전 직원 대상 기준과 절차를 공개하고, 심사·의결 기록을 남길 것.

2) 항목별 과세/비과세 맵

지원 항목	과세/비과세 판단 포인트	실무 메모
의료비·재난/긴급생계비	규약상 목적·공통 기준·심사로 복지성 명확 → 비과세 유지 가능	진단서·영수증·심사록 필수
장학금·학자금	전 직원(자녀) 공통 기준·소득구간·성적기준 등 차등 없이 운용 시 비과세 가능	지급대상·한도·중복지원 금지
경조사비	규약상 정액/정률·공통성 있으면 비과세 가능	관계·증빙(청첩장 등) 보관
주거·전세자금 이자보전	직원 일반에 공통 제공·상한/기간 명확 → 비과세 가능성 있으나, 특정인 집중·고액은 과세 리스크	상환계획·금융증빙 대사
여가·문화·복지포인트	현금성·자유사용 폭이 넓으면 과세 위험↑. 목적 사용처 제한·한도 관리로 리스크 축소	가맹·영수증 필터
상품권·현금성 지원	원칙적으로 과세 가능성이 큼. 특정 시상·실적 연동은 근로소득	가능하면 현물·목적지출 구조 권장
임원·특정인 집중 지원	공통성 위반 → 근로소득(상여) 및 제재 리스크	분기별 분포 점검

3) 원천세·연말정산 처리

• 과세 판단 시: 기금이 지급 주체라도 실질상 회사 복지로 귀속되므로, 통상 회사 급여시스템에서 근로소득 원천징수 반영(상여/기타수당 코드).
• 비과세 판단 시: 급여 반영 없음. 단, 증빙·심사 기록을 적법하게 갖추고, 지급내역을 복지비 내역으로 별도 관리.
• 연말정산: 과세 반영된 금액은 총급여 및 원천징수영수증에 반영. 비과세 항목은 미반영.
• 4대보험: 과세로 본 급여성 항목은 보험료 산정에 포함될 수 있음(제도별 규정 확인).

4) 부가가치세 이슈

• 기금의 복지지출은 재화·용역 공급이 아니라 보조/급부에 해당 → 통상 부가세 과세거래 아님.
• 다만 기금이 유상 임대·판매·용역을 제공하면 해당 거래는 과세 여부 검토(과세사업자 등록 등).
• 영수증 수취: 복지지출 관련 매입세액 공제는 일반적으로 이익비용 성격이라 제한. 부가세 환급 기대하지 말 것.

5) 증빙·내부통제 체크리스트

• 규약·세부지침: 대상·요건·한도·심사·지급·사후관리 명시(사내 게시).
• 신청–심사–의결–지급–사후 전 단계 전자결재 로그와 증빙(영수증/진단서 등) 보관.
• 개인정보: 최소수집·마스킹·보존기간 준수.
• 분기 리뷰: 부서·직급·임원 수혜 분포, 특정인 집중 경보, 현금성 비중 관리.
• 세무 리스크맵: 과세 가능 항목 사전 지정, 원천징수·연말정산 연동 시트 운영.

6) FAQ

기금이 직접 지급했는데, 회사에서 원천징수까지 해야 하나요?

과세로 판단되는 항목은 실질상 근로소득 성격이므로 회사 급여시스템에서 원천징수를 반영하는 것이 안전합니다(상여/기타코드). 내부 정산 프로세스를 마련하세요.

복지포인트는 비과세 아닌가요?

사용처 제한이 약하고 현금성에 가까우면 과세 위험이 큽니다. 카테고리 제한·한도·증빙 필터를 통해 목적지출 구조로 설계하세요.

장학금은 전부 비과세인가요?

전 직원(자녀)에게 공통 기준으로 제공하고, 업무 실적 연동 등 대가성이 없을 때 비과세 유지 여지가 큽니다. 대상·한도·중복지원 금지 조항을 규약에 명시하세요.

임원·특정인 지원이 많은데 괜찮을까요?

공통성 위반으로 과세(상여) 및 감독 리스크가 큽니다. 분기별 분포를 점검하고, 이해상충 회피·의결 회피 장치를 두세요.

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※ 본 글은 실무 요약입니다. 실제 과세 판단은 개별 사실관계·증빙·내부규정에 따라 달라질 수 있으니, 지급 전 세무전문가 검토를 권합니다.